Každý registrovaný projekt je predmetom formálneho hodnotenia a hodnotenia oprávnenosti. Za toto hodnotenie je priamo zodpovedný STS. Po formálnom hodnotení a hodnotení oprávnenosti vzniká zoznam projektov, ktoré splnili formálne kritériá a kritériá oprávnenosti a prechádzajú do ďalšej etapy hodnotenia, teda na technické (kvalitatívne) hodnotenie. Projekty, ktoré nesplnili kritériá formálneho hodnotenia a hodnotenia oprávnenosti sú zamietnuté.

Projekty predložené poľskými a slovenskými Vedúcimi partnermi sú hodnotené spoločným poľsko-slovenským Panelom expertov na základe pokynov pre hodnotiteľov.